Latex und Chemie - Nummerierung von Molekülen und Atomen,..

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Arbeit in den letzten Zügen

von Marie » Do 17. Nov 2016, 10:56

Danke! Meine Korrekturleser sind damit zufrieden :)

Wenn mir das alles doch auch nur so leicht fallen würde :lol:

Frage 1: Geht es, dass man an einen Pfeil der senkrecht nach unten zeigt, die Schrift trotzdem waagrecht dran zu schreiben? (innerhalb eines Schemas in einer chemfig-Umgebung)

Frage 2: Ich habe immer noch ein paar Probleme mit einem Reaktionsschema. Wenn ich die Moleküle nummeriere, dann nimmt Latex nicht mehr die Mitte vom Molekül sondern die Mitte von Molekül+Zahl und richtet dann das nächste Molekül danach aus. So, dass nach dem Plus das Molekül dann viel zu weit oben steht. Das bekomme ich auch mit \chemnameinit nicht weg.

Frage 3: Gibt es einen funktionierenden Befehl, um ein bereits fertiges Molekül zB um 90 Grad zu drehen? Weil Latex dreht die Moleküle manchmal platzsparend und manchmal würde ich die Moleküle gerne im Nachhinein drehen, ohne sie komplett neu zeichnen zu müssen.

Danke!! :)

von cgnieder » Do 20. Okt 2016, 12:16

Nicht perfekt, aber:
\documentclass{article}

\usepackage{chemfig}
\usepackage{chemformula}
\usepackage{chemmacros}

\providecommand\IfChemCompatibilityT[3]{}

\IfChemCompatibilityT{>=}{5.0}{
  \usechemmodule{orbital}
}

\begin{document}

\chemsetup[orbital]{overlay, p/color = black!30}
\setbondoffset{0pt}

\chemfig{
  -[:-54,,,,draw=none]\orbital{p}
  -[:18,,,,draw=none]\orbital{p}
  -[:90,,,,draw=none]\orbital{p}
  -[:162,,,,draw=none]\orbital{p}
  -[:234,,,,draw=none]\orbital{p}
  -[:180,,,,draw=none]-[:0,,,,draw=none]
  N([:-180]-H)*5(-C(-H)-C(-H)-C(-H)-C(-H)-)
}

\end{document}

ich kann keine schönen Orbitale zeichnen

von Marie » Do 20. Okt 2016, 10:01

Hier bin ich wieder :)
Danke erstmal für die letzte Rettungsaktion - das mit dem shorten hat super funktioniert - wollte nur das Forum nicht unnötig mit Nachrichten füllen...
Gibt es eine elegante Möglichkeit, untenstehendes Problem zu lösen?
Die Orbitale sollten sich genau um die C-Atome bzw um das N anordnen. So sieht das alles noch ziemlich verzogen aus. Zur Not muss ich die Graphik aus der Arbeit rauslöschen, denn wir haben zu dritt schon das gesamte Internet nach einer Lösung durchsucht und haben keine Idee, was man hier noch machen könnte ... (Ich glaube, dass man die Pakete gar nicht alle braucht - ich sehe da so langsam nicht mehr durch, aber egal)
\documentclass{article}
\usepackage{tikz}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{chemformula}
\usepackage{chemmacros}
\begin{figure}
\chemsetup[orbital]{overlay, p/color = black!30}
\setbondoffset{0pt}%sorgt dafür, dass zwischen den Bindungen keine Lücken sind
\chemfig{\orbital{p}N([:-180]-H)*5(-\orbital{p}C(-H)-\orbital{p}C(-H)-\orbital{p}C(-H)-\orbital{p}C(-H)-)}
\end{figure}
\end{document}
Danke!!

von cgnieder » Mo 10. Okt 2016, 11:41

Du suchst die Optionen shorten > und shorten <:
\documentclass{article}
\usepackage{chemmacros}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}

\setatomsep{1.4em}
\schemestart
  \chemfig{H-[:30](=[:90]@{AA}\lewis{13,O})-[:-30]H}
  \+
  \chemfig{@{BB}H^\fplus}
\schemestop
\chemmove{
  \draw[->,shorten >=3pt, shorten <=4pt]
    (AA)..controls+(45:1.5cm)and+(60:0.7cm)..(BB);
}

\end{document}

Pfeil

von Marie » Mo 10. Okt 2016, 11:20

Ok, also ich bin schon mal ein ganzes Stück weiter. Das mit der Nummerierung von den Molekülen macht mir jetzt nur noch an einer Stelle Probleme, aber der Rest funktioniert erstmal :)

Auch bei dem Reaktionsschema hat das mit den Pfeilen ganz gut geklapptt. Allerdings habe ich bei den Elektronenpfeilen das Problem, dass die nicht da anfangen und aufhören, wo ich es gerne möchte. Der Preil soll von dem Elektronenpaar zu dem Plus gehen. Bekommt man das auch noch irgendwie hin? :)
\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{chemmacros}
\begin{document}
\schemestart
\setatomsep{1.4em}
\chemfig{H-[:30](=[:90]@{AA}\lewis{13,O})-[:-30]H}\+
\chemfig{@{BB}\chemabove{H}{\hspace{3.5mm}\oplus}}
\chemmove{\draw[->](AA)..controls+(45:1.5cm)and+(60:0.7cm)..(BB);}
\schemestop
\end{document}
Danke schon mal für die super Hilfe, hat mich wirklich ein großes Stück weiter gebracht :)

Re: Problem 2 gelöst :)

von cgnieder » Do 6. Okt 2016, 15:17

Marie hat geschrieben:Hey, danke für die schnellen Antworten.

zu Problem 1: Ja, genau die Packete habe ich und so sieht es auch bei mir aus. Ich habe eben mal versucht alles hier rein zu kopieren und es mir anzeigen zu lassen, dann wird es mir auch normal dargestellt. In meinem Textdokument steht das Molekül über dem Pfeil allerdings ca. 10 cm über der Zahl und es wird alles ziemlich verzerrt... sehr merkwürdig.
Eigentlich nicht merkwürdig: \chemname setzt den Namen unter das Molekül abhängig von der Tiefe bei der letzten Verwendung davor. Das kann man mit \chemnameinit{} resetten, was ich in meinem ersten Post impliziert habe :)

Problem 2 gelöst :)

von Marie » Do 6. Okt 2016, 15:01

Hey, danke für die schnellen Antworten.

zu Problem 1: Ja, genau die Packete habe ich und so sieht es auch bei mir aus. Ich habe eben mal versucht alles hier rein zu kopieren und es mir anzeigen zu lassen, dann wird es mir auch normal dargestellt. In meinem Textdokument steht das Molekül über dem Pfeil allerdings ca. 10 cm über der Zahl und es wird alles ziemlich verzerrt... sehr merkwürdig.

zu Problem 2: Genau das habe ich gesucht, vielen Dank!!

zu Problem 3: Ich brauche erstmal eine Weile um das auszuprobieren. Ich habe mir für die Arbeit Latex quasi komplett selbst angeeignet und brauche somit etwas länger Zeit um irgendwas nachzuvollziehen >.< Ich melde mich dann nochmal: entweder mit einer Erfolgsmeldung oder mit einer PDF, die nicht mehr angezeigt werden kann :'D

Vielen vielen Dank schon einmal, jetzt komme ich schon mal ein Stück weiter :)
LG Marie

von cgnieder » Do 6. Okt 2016, 13:16

von cgnieder » Do 6. Okt 2016, 13:14

Zu größeren Schemata schau Dir z.B. das hier mal an:

http://texwelt.de/wissen/fragen/5734/ und https://www.overleaf.com/read/nhbyvqvrqffj

Grüße

von cgnieder » Do 6. Okt 2016, 13:08

Ich rate mal wild ins Blaue hinein, dass Du an richtiger Stelle \chemnameinit{} setzen musst, denn so völlig kann ich Dein Problem mit Deinen Angaben nicht verstehen.
\documentclass{article}

% was mir meine Kristallkugel verrät:
\usepackage{chemfig}
\usepackage{chemnum}

\begin{document}

\schemestart
  \chemname{\chemfig{MolekülA}}{\cmpd{8}}
  \arrow{->[\chemname{\small
      \chemfig{*6(-=-(-[:30]=[:330]X)=-(-[:150]=[:210]X)=)}}{\cmpd{12}}][{\small
      EtOH}]}[,2.0]
  \chemnameinit{}
  \chemname{\chemfig{MolekülB}}{\cmpd{13}}
\schemestop

\end{document}
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chemfig.png
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