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Warum hörst du nicht auf die Warnung, die du bekommst und verwendest [p]scrlayer-scrpage[/p] statt [p]fancyhdr[/p]? Das Paket ist ebenfalls in der [url=http://www.komascript.de/scrguide]KOMA-Script-Anleitung[/url] und im [url=http://www.dante.de/index/Literatur/KOMA-Script.html]KOMA-Script-Buch[/url] dokumentiert.

Wie dem auch sei: Ohne [m][/m] können wir nur selten helfen. Meist ziehen sich die Hilfeversuche dann endlos hin und führen letztlich nur zu Frustration. Vielleicht kann dir ja der Verwalter der Vorlage eher helfen.

\fancyhead[R]{\sffamily\nouppercase{\ifstr{\leftmark}{\rightmark}{}{\rightmark}}}

\documentclass[%a4paper,11pt,oneside,% sowieso voreingestellte Optionen
  listof=totoc,% Option durch aktuelle ersetzt
  headinclude
]{scrreprt}
\usepackage{blindtext}% nur für Fülltext

\usepackage[automark,autooneside=false,headsepline]{scrlayer-scrpage}
\clearpairofpagestyles
\cfoot*{\pagemark}
\ihead{\leftmark}
\ohead{\ifstr{\leftmark}{\rightmark}{}{\rightmark}}
\renewcommand\chaptermarkformat{\chapapp\ \thechapter.\enskip}
\setkomafont{pageheadfoot}{\normalfont\sffamily}

\begin{document}
\tableofcontents
\Blinddocument\Blinddocument\Blinddocument\Blinddocument
\Blinddocument\Blinddocument\Blinddocument\Blinddocument
\end{document}

Ungetestet, da Du kein lauffähiges Minimalbeispiel angegeben hast:

[code]\fancyhead[R]{\sffamily\nouppercase{\ifstr{\leftmark}{\rightmark}{}{\rightmark}}}[/code]

Bei Deinen Klassenoptionen steht eine veraltete Option, für die Du Warnungen bekommst. Verwende statt dessen [tt]listof=totoc[/tt].

Mit einer KOMA-Script Klasse würde es sich auch anbieten das Paket [tt]scrlayer-scrpage[/tt] statt [tt]fancyhdr[/tt] zu nutzen. Beispiel:

[code]\documentclass[%a4paper,11pt,oneside,% sowieso voreingestellte Optionen
listof=totoc,% Option durch aktuelle ersetzt
headinclude
]{scrreprt}
\usepackage{blindtext}% nur für Fülltext

\usepackage[automark,autooneside=false,headsepline]{scrlayer-scrpage}
\clearpairofpagestyles
\cfoot*{\pagemark}
\ihead{\leftmark}
\ohead{\ifstr{\leftmark}{\rightmark}{}{\rightmark}}
\renewcommand\chaptermarkformat{\chapapp\ \thechapter.\enskip}
\setkomafont{pageheadfoot}{\normalfont\sffamily}

\begin{document}
\tableofcontents
\Blinddocument\Blinddocument\Blinddocument\Blinddocument
\Blinddocument\Blinddocument\Blinddocument\Blinddocument
\end{document}[/code]

\LoadClass[a4paper,11pt,oneside,liststotoc]{scrreprt}

\RequirePackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}

\@ifundefined{chapter}%
   {}%
	 {\renewcommand{\chaptermark}[1]{%
			\ifthenelse{\value{chapter} < 1}%
				{\markboth{#1}{}}%
				{\markboth{\thechapter.\ #1}{}}
		}}

 \addtolength{\headheight}{\baselineskip}
\renewcommand{\headrulewidth}{0.4pt}
 \renewcommand{\footrulewidth}{0pt}
 \fancyhf{} 
 \fancyfoot[C]{\sffamily\thepage}
 \fancyhead[L]{\sffamily\nouppercase{\leftmark}}
 \fancyhead[R]{\sffamily\nouppercase{\rightmark}}

Hallo ihr Liebe,

und zwar schreibe ich gerade meine Abschlussarbeit und verwende hierzu eine Latex-Vorlage. Ich habe leider keine allzu große Ahnung von den Latex-Codes, daher hoffe ich, dass ihr mit weiter helfen könnt.
Ich benutze

[code]
\LoadClass[a4paper,11pt,oneside,liststotoc]{scrreprt}
[/code]

und würde nun gerne meine Seiten so anpassen (was bisher auch funktioniert), dass in der Kopfzeile jeweils links das aktuelle Kapitel und rechts das aktuelle Unterkapitel steht. Dabei verwende ich folgendes Paket und Befehle:

[code]
\RequirePackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}

\@ifundefined{chapter}%
{}%
{\renewcommand{\chaptermark}[1]{%
\ifthenelse{\value{chapter} < 1}%
{\markboth{#1}{}}%
{\markboth{\thechapter.\ #1}{}}
}}

\addtolength{\headheight}{\baselineskip}
\renewcommand{\headrulewidth}{0.4pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}
\fancyhf{}
\fancyfoot[C]{\sffamily\thepage}
\fancyhead[L]{\sffamily\nouppercase{\leftmark}}
\fancyhead[R]{\sffamily\nouppercase{\rightmark}}
[/code]

Nun erscheint leider auch beim Inhaltsverzeichnis bzw. der Literatur (wenn es über mehr als eine Seite geht) das gleiche Schema. Nur hier ist das Problem, dass nun links sowie auch rechts "Inhaltsverzeichnis" bzw. "Quellen" steht.
Kann ich das nur für diese beiden Fälle auf der rechten Seite unterbinden?

Ich wäre euch super dankbar, wenn ihr mit irgendwie weiterhelfen könntet...