Nachdem ich mein Problem nun - mit deiner Hilfe - endlich überBesserwisser hat geschrieben: (...) mach aus dem Ganzen ein Paket und definiere einen Befehl, über den man in der Präambel bereits die Schalter setzt. (...) oder mit scrlfile auch \BeforeClosingMainAux) entsprechende Infos in die aux-Datei. Wichtig zu wissen dabei ist: Die aux-Datei wird zweimal gelesen, einmal innerhalb von \begin{document} und einmal unmittelbar nachdem sie geschlossen wurde innerhalb von \end{document}.
\BeforeClosingMainAux{\immediate\write\@auxout{\string\<Befehl>}}
Auch der Hinweis, wann die *.aux geschrieben wird, war echt hilfreich!
Besten Dank dafür und noch einen schönen Feiertag!