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\makeatletter
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\begin{document}

             
\tableofcontents 

\appendix
\addcontentsline{toc}{section}{A. Anhang}
\includepdf[pages=1, addtotoc={1, subsection, 2, Bescheinigung MatheHelpDesk, label=subsec:Bescheinigung}]{Bescheinigung.pdf}


\end{document}

\documentclass[a4paper,10pt, numbers=noenddot]{scrartcl}
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\setcounter{secnumdepth}{4} 
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\begin{document}             
  \tableofcontents
  
  %\section{Ich bin die erste Ziffer}
  %	\subsection{Ich bin die zweite Ziffer}
  \Blinddocument

  \appendix
  %	\section{Ich bin der Buchstabe}
  %    	\subsection{Ich bin die Nummer}
  \Blinddocument
\end{document}

\documentclass{scrartcl}
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\begin{document}
            
\tableofcontents 
\section{Richtige Section}
\addcontentsline{toc}{section}{1. Fake Section mit Nummerierung}
\addsec{Unnummerierte Section}
\appendix
\section{Anhang}
%\addcontentsline{toc}{section}{A. Anhang} %führt keine Nummerierung ein
\includepdf[pages=1, addtotoc={1, subsection, 2, Bescheinigung MatheHelpDesk, label=subsec:Bescheinigung}]{example-image-a4}

\end{document}